Az újraegyesítés óta Berlin ismét Németország fővárosa. 1991. június 20-án döntött a Bundestag arról, hogy Berlin lesz a kormány- és a parlament székhelye. Az átköltözés nem zajlott le zökkenőmentesen, az új Reichstagban az első ülésnap 1999-ben volt, fokozatosan települtek át Bonnból a kormányzati szervek és hivatalok.

Az NDK Kelet-Berlinben saját magának egy monumentális épületet épített, a Palast der Republikot, amely székhelye volt az NSZEP-gyűléseknek, valamint itt ülésezett az NDK Népi Kamarája is. Az épületet 2008-ban lebontották.

Ma a szövetségi kormány, a Bundestag és a Bundesrat is itt székel. Néhány minisztérium azonban továbbra is Bonnban maradt. Minden minisztériumnak van Berlinben és Bonnban is kirendeltsége, attól függően, hogy hol van a székhelye.

Berlin tartományt és várost a Berlini Szenátus irányítja. A szenátust a polgármester és 8 szenátor alkotja. A városháza az egyesítés óta az egykori keleti városrészben álló impozáns Rotes Rathausban, magyarul a Vörös Városházán zajlik. A kettéosztás idején a nyugati városvezetés a schönbergi városházán székelt. Jelenleg Klaus Wowereit szociáldemokrata polgármester irányítja a várost, a kormányzó erők az SPD és a Die Linke, a baloldaliak. A közgyűlésen a következőképp alakulnak az erőviszonyok:

• SPD 53 hely
• CDU 37 hely
• Die Linke 23 hely
• Szövetség '90/Zöldek 23 hely
• FDP 23 hely

Összesen 149 hely. A következő választás 2011-ben esedékes.

**********************************
****
*
Polgármesterek

1809 és 1948 között

• Carl Friedrich Leopold von Gerlach (1809. május 8. − 1813. június 8.)
• Johann Stephan Gottfried Büsching (1814 február − 1832 március)
• Friedrich von Bärensprung (1832 március − 1834. október 6.)
• Heinrich Wilhelm Krausnick (1834. október 6. − 1848. március 20.)
• Franz Christian Naunyn (1848. március 20. − 1851. január 23.)
• Heinrich Wilhelm Krausnick (1851. január 23. − 1862. december 30.)
• Karl Theodor Seydel (1863. január 12. − 1872. április 1.)
• Arthur Johnson Hobrecht (1872. április 1. − 1878)
• Max von Forckenbeck (1878. november 21. − 1892. május 26.)
• Robert Zelle (1892. szeptember 29. − 1898. szeptember 30.)
• Martin Kirschner (1899. december 23. − 1912. augusztus 31.)
• Adolf Wermuth (1912. szeptember 1. − 1920. november 25.)
• Gustav Böß (DDP) (1921. január 20. − 1929 november)
• Arthur Scholz (1929 november − 1931. április 14.)
• Heinrich Sahm (független) (1931. április 14. − 1935. december 18.)
• Oskar Maretzky (1935. december 19. − 1937. március 31.)
• Julius Lippert (1937. április 1. − 1940 július)
• Ludwig Steeg (1940 július − 1945. április)
• Arthur Werner (független) (1945. május 17. − 1946. december 5.)
• Otto Ostrowski (SPD) (1946. december 5. − 1947. április 17.)
• Louise Schroeder (SPD) (1947. április 17. − 1948. december 7.) népbiztos
• Ferdinand Friedensburg (CDU) (1948. augusztus 14. − 1948. december 1.) népbiztos

1948. november 30-án a szovjetek saját polgármestert választottak Kelet-Berlinnek, ezzel elkezdődött a város megosztottsága.

Kelet-Berlin polgármesterei 1948 és 1991 között

• Friedrich Ebert jr. (SED) (1948. november 30. − 1967. július 5.)
• Herbert Fechner (SED) (1967. július 5. − 1974. február 11.)
• Erhard Krack (SED) (1974. február 11. − 1990. február 15.)
• Ingrid Pankraz (SED) (1990. február 15. − 1990. február 23.) népbiztos
• Christian Hartenhauer (SED) (1990. február 23. − 1990. május 30.)
• Tino Schwierzina (SPD) (1990. május 30. − 1991. január 11.)
• Thomas Krüger (SPD) (1991. január 11. − 1991. január 24.) népbiztos

Nyugat-Berlin polgármesterei 1948 és 1991 között

• Ernst Reuter (SPD) (1948. december 7. − 1953. szeptember 29.)
• Walther Schreiber (CDU) (1953. október 22. − 1955. január 11.)
• Otto Suhr (SPD) (1955. január 11. − 1957. augusztus 30.)
• Franz Amrehn (CDU) (1957. augusztus 30. − 1957. október 3.) népbiztos
• Willy Brandt (SPD) (1957. október 3. − 1966. december 1.)
• Heinrich Albertz (SPD) (1966. december 1. − 1967. október 19.)
• Klaus Schütz (SPD) (1967. október 19. − 1977. május 2.)
• Dietrich Stobbe (SPD) (1977. május 2. − 1981. január 23.)
• Hans-Jochen Vogel (SPD) (1981. január 23. − 1981. június 11.)
• Richard von Weizsäcker (CDU) (1981. június 11. − 1984. február 9.)
• Eberhard Diepgen (CDU) (1984. február 9. − 1989. március 16.)
• Walter Momper (SPD) (1989. március 16. − 1991. január 24.)

1991 óta

• Eberhard Diepgen (CDU) (1991. január 24. − 2001. június 16.)
• Klaus Wowereit (SPD) (2001. június 16. óta)