Egyetemi város, legnagyobb múltra a Humboldt Egyetem tekint vissza, a kettéosztottság nyomán a nyugati városrészben alakult meg a Freie Universität (Szabad Egyetem), majd a külön műszaki egyetem (Technische Universität Berlin). A Humboldt Egyetemen közel 38 000 diák tanul, míg a Freie Universitäten ennél 3000-rel kevesebben. A Freie Universität 2007. október 19-én elnyerte az elitegyetem státuszt és így a kutatás támogatásáért többletfinanszírozást kap az államtól. A Humboldt Egyetem és a Freie Universität közös orvosi kara a Charité, mely egyben Európa legnagyobb egyetemi klinikája is. Az egyetemek mellett 70 kutatóintézet található a városban, melyekben összesen 50 000 kutató dolgozik.

 
A Humboldt Egyetem főépülete

Felsőoktatási intézmények

Egyetemek:

• Szabad Egyetem (FU)
• Humboldt Egyetem (HU)
• Technikai Egyetem (TU)
• Művészeti Egyetem (UdK)

Szakiskolák:

• Alice Salomon Szociális munkás és Szociálpedagógus Szakiskola (ASFH)
• Evangélikus Szakiskola (EFB)
• Technikai és Gazdasági Szakiskola (FHTW)
• Közigazgatási és Jogi Szakiskola (FHVR)
• Gazdasági Szakiskola (FHW)
• Szociális Katolikus Főiskola (KHSB)
• Technikai Szakiskola (TFH)

Művészeti főiskolák:

• Német Film- és Televíziós főiskola (dffb)
• Hans Eisler Zenei főiskola (HfM)
• „Ernst Busch“ Színészképző főiskola (HfS)
• Berlin-Weißensee-i Művészeti Főiskola (KHB)

Magánfőiskolák:

• bbw-hochschule (bbw)
• Technikai Művészeti főiskola (BTK)
• European College of Liberal Arts (ECLA)
• ESCP-EAP Európai Gazdasági Főiskola
• European School of Management and Technology (esmt)
• Oekonomie & Management Főiskola (FOM)
• Hertie School of Governance (HSoG)
• International Business School (IBS)
• OTA Főiskola
• Touro College Berlin

Egyéb:

• Berlini Szakakadémia
• Csillágaszati Konzervatórium
• Német Politikai Főiskola (DHfP)

Iskolarendszer

Berlinben egy hatéves alapiskolát és egy háromtagú felsőiskolarendszert kell a diákoknak elvégezni. A felsőiskolarendszer a fő- és reáliskolát, a gimnáziumot ill. a gyűjtőiskolát takarja.

2004 februárjában egy új iskolatörvényt fogadtak el. A törvény szerint az érettségit 12 év után le lehet tenni a korábbi 13 év helyett. A központi érettségi alá tartozó tárgyak a következők lettek: német nyelv és irodalom, matematika és idegen nyelv.